המכון מעניק שירותי ייעוץ והכוונה ללא תשלום למועמדות לשירות וחיילות דתיות בכל הקשור להתמודדות הדתית והרוחנית בזמן השירות בצה"ל.

על פי התחזיות, צפויות להתגייס לצה"ל בשנת 2026 כ-3,200 בנות דתיות, זאת מתוך כ-7,500 בוגרות החמ"ד. בדומה לחיילים הדתיים, במהלך שירותן מתמודדות החיילות הדתיות לא אחת עם פערים בין העולם החינוכי תורני שממנו הן מגיעות לבין המציאות הצבאית.

כחלק מפעילותה רבת השנים של מדרשת או"ת לינדנבאום, צבר צוות המדרשה והעומדים בראשה ידע וניסיון רב בסיוע וייעוץ לבנות רבות, שפונות אליהם מדי יום לקבלת עצה טובה ועזרה מול המערכת הצבאית. בוגרות המדרשות השונות זוכות להמשך ליווי גם במהלך שירותן הצבאי, אך ישנן בנות ממגזרים שונים בציונות-הדתית והחרדית אשר מתגייסות שלא במסגרת מסלולי המדרשות ומתמודדות גם הן עם קשיים ואתגרים רוחניים והלכתיים כחלק משירותן הצבאי. לאור כך, הרשת החליטה להקים את המכון, מתוך תקווה לנצל את הידע הקיים במדרשה על מנת להעניק מענה אמיתי ויעיל לכלל הבנות הזקוקות לייעוץ ולהכוונה.

המכון פועל בשיתוף פעולה הדוק עם האגף הביטחוני חברתי ורשויות צה"ל, וכחלק מפעילותו, מפעיל מוקד וואטסאפ, המעניק מענה רוחני-הלכתי וייעוץ וסיוע מול רשויות הצבא, ומופעל על ידי צוות המכון ובייעוצם ההלכתי של הרב שוקי רייך והרב אהד טהרלב. עיקר הייעוץ שמעניק המכון הינו בתחום התורני, ובנוסף, הוא נותן מענה בכל הקשור לתחום המקצועי והתאמה לבת הדתית. מכון המחקר עורך כנסים וימי עיון בנושא ממשק אישה-תורה-צבא, ומפרסם פרסומים תורניים שונים העוסקים סביב סוגיית גיוס בנות דתיות, דוגמת שו"ת לבנות דתיות המשרתות בצבא.